Esta serie de alelos controla la naturaleza de la pigmentación de cada pelo de forma individual en el pelaje, así como su distribución en el cuerpo.

La serie A determina la cantidad y la distribución del pigmento amarillo (feomelanina) y del pigmento negro (eumelanina) en el pelo.

Esta distribución va desde un color totalmente amarillo hasta uno a bandas (a rayas) o incluso la ausencia de amarillo en el pelo.

Aunque la mayoría de genes controlan más bien la distribución de pigmento amarillo y negro, este locus se encarga principalmente de la cantidad de pigmento que tendrá el pelo. Esto hace que sea un locus importante. 

Dentro de este locus hay 8 alelos:

Ay - amarillo letal dominante

Avy y AHVY - amarillo viable e hiperviable

Aw - agutí de tripa blanca

A - agutí o salvaje

at - black tan

am - agutí moteado

a - no agutí

ae - extreme no agutí

Es el dominante de la serie.

Un ratón Ay siempre será heterocigoto Ay/A*, no puede ser homocigoto (es decir, Ay/Ay) puesto que es un gen letal en homocigosis. Esto significa que un ratón Ay/Ay muere antes de nacer, por eso sólo existen heterocigotos para este gen.

Ay elimina el color negro del pelo del ratón, dejando sólo el amarillo. La intensidad del color rojo/amarillo lo determina la genética del ratón, es decir, lo demás genes que tendrá en los otros loci.

Además, el gen Ay es uno de los principales genes de la obesidad en los ratones. Hay problemas vinculados genéticamente a este gen que son la obesidad, la diabetes y el aumento de la susceptibilidad a tumores. Incluso con una dieta restringida, estos ratones tienen más grasa corporal que los otros.

HOMOCIGOSIS: los animales Ay/Ay mueren durante la gestación y nunca llegan a nacer.

HETEROCIGOSIS: siempre aparecen en forma heterocigótica. Los ratones con un gen Ay:

    a) tendrán un 25% menos de crías por el factor letal

    b) todos serán genéticamente propensos a la obesidad

    c) no se reproducen tan fácilmente

El gen Ay no importa con cuál de los otros alelos de la serie A sea heterocigótico, el ratón SIEMPRE será rojo intenso, tirando a naranja/amarillo.

Los colores con Ay incluyen:

- Red (rojo)

- Fawn (red con ojos rojos)

- Sable

- Marten sable

- no estandarizadas: Straw (paja) y Crema.

También es posible obtener ratones PEW (blanco de ojos rojos) y BEW (blanco de ojos azules) con el gen Ay.

El color crema obtenido por este gen no es el estandarizado, y en muchos sitios se le ha cambiado el nombre por color Hueso.

 Red: Ay/* B/* C/* P/*           Fawn: Ay/* B/* C/* p/p

Sable: Ay/at B/* C/* P/* U    Marten sable:

                                                   Ay/at B/* cch/cch P/* U

Paja:                                          Crema:                                      Ay/A o Ay/a                              Ay/*

bc/*                                           B/*

C/*                                            cch/cch

d/d                                             D/*

P/* o p/p                                  P/* o p/p

Avy - amarillo viable: es el segundo gen dominante de la serie.

Los ratones Avy/Avy son totalmente viables, pero aún así no garantiza una cría libre de problemas en la línea de ratones rojos.

Primero porque se parece al Ay en factores de obesidad y riesgo de tumores.El grado de obesidad depende de la cantidad de pigmento amarillo que tenga el ratón. 

Por otra parte, mientras que los Avy son indistinguibles de los Ay, el efecto de los viables es muy variable. El fenotipo de los ratones Avy puede variar desde el puro amarillo, ratone con manchas o rayas hasta ratones que pueden pasar por un agutí (a los que se les llama "pseudoagutí"). El genotipo y el locus de la madre tiene mayor efecto sobre las crías que las del padre.

HOMOCIGOSIS: un ratón Avy/Avy puede variar mucho su apariencia. Muchos ratones homocigóticos se parecen a los Ay de jóvenes, pero luego se vuelven moteados o adquieren un tono de hollín. Algunos muestran un patrón atigrado desde jóvenes. 

Al ser tan variables en apariencia pueden ser un problema si al criar se busca un color definido.

HETEROCIGOSIS: dan lugar a los llamados "brindle".

    Avy/A y Avy/a - "brindle" o atigrados: muestran un agutí oscuro atigrado sobre un fondo amarillo. Los otros genes presentes (b, c, p) determinan el color de base y tipo de atigrado.

Ejemplo: la presencia de la dilución azul d/d -> el color de fondo será amarillo/crema y el atigrado azul.

    Avy/A - brindle agutí: tienen rayas agutís sobre fondo rojo. 

Con el alelo b/b las rayas se diluyen de agutí a canela.

Con el alelo d/d las rayas azules se diluyen dando un agutí lila.

El agutí azul y el agutí lila tienen el color rojo diluido a la mitad de la intensidad.

Con el alelo p/p tiene casi la misma intensidad de rojo, pero las rayas son de color argente.

Si sumamos p/p + chocolate la base del pelo es champagne. 

Con la dilución azul la intensidad del color rojo es la mitad que la de un agutí brindle, y la base del pelo es azuado. Con más grados de dilución se pasa del azulado al lila.

    Avy/a - brindle negro: rayas negras sobre fondo rojo.

    Avy/at - es como el brindle negro pero con el vientre del ratón de color tan, sin rayas.

    Avy/ae - es también un brindle negro, pero con los colores más intensos. 

          Brindle agutí                Brindle negro (izquierda):

                                                   Avy/a B/* C/* D/* P/*

                                               Brindle ojo rosa (centro):

                                                  Avy/a B/* C/* D/* p/p

                                               Brindle autí azul (derecha):

                                                  Avy/a b/b C/* d/d P/*

Ahvy - amarillo hiperviable: produce aún más variación de color en los genes "atigrados".

Pueden producir desde un efecto de amarillo entero, agutí casi negro, agutí atigrado sobre rojo... ¡hasta rojo atigrado sobre fondo negro!

Camada Ahvy/*. Nótese la gran variedad de colores

Aw es dominante sobre el agutí A y todas las minúsculas de esta serie (que saldrán más abajo), pero es recesivo para los amarillos dominantes (ya mencionados). 

Los ratones con este gen tienen el típico color agutí pero con el vientre blanco o crema. El fondo genético de un ratón Aw determina si el vientre será blanco puro o más crema. Lo que significa que se pueden seleccionar ratones para sacar vientres más blancos.

Este gen existe también en líneas como el Chinchilla y el Argente crema, dando el vientre blanco en ellos.

Aw es un gen que permite obtener ratones fox con la variedad agutí (p.e ratones agutí fox, canela fox...), pero no son colores estandarizados. Además, como tiene efectos variables en el color de la tripa, hay que hacer una cría selectiva para sacar agutís fox.

Chinchilla fox

Aw es dominante sobre el agutí A y todas las minúsculas de esta serie (que saldrán más abajo), pero es recesivo para los amarillos dominantes (ya mencionados). 

Los ratones con este gen tienen el típico color agutí pero con el vientre blanco o crema. El fondo genético de un ratón Aw determina si el vientre será blanco puro o más crema. Lo que significa que se pueden seleccionar ratones para sacar vientres más blancos.

Este gen existe también en líneas como el Chinchilla y el Argente crema, dando el vientre blanco en ellos.

Aw es un gen que permite obtener ratones fox con la variedad agutí (p.e ratones agutí fox, canela fox...), pero no son colores estandarizados. Además, como tiene efectos variables en el color de la tripa, hay que hacer una cría selectiva para sacar agutís fox.